Есть два слоя JPanel.  Нижний содержит графику, верхний - прозрачный с малым количеством графики которую необходимо часто перерисовывать. при вызове repaint() перерисовываются оба слоя. clearRect() также перерисовывает оба слоя. В интернетах советуют использовать BufferImage (мой верхний слой прозрачный - не очень клеится). Есть ли способ перерисовывать только верхний слой (без заполнения его цветом, а потом снова придавания ему прозрачности..такой финт приводит к миганию, с чем изначально и боролся) 

Так, не понял уже с первого предложения. Что такое слои JPanel? Как они расположены? Как это реализовано?

Есть окно JFrame. В нем, по центру располагается менеджер слоев JLayerPane. В этом менеджере один на другом "лежат" два компонента JPanel. Нижний - с непрозрачным фоном, с графикой. Верхний - с прозрачным фоном (setOpaque(false)) с часто меняющейся графикой. Идея состоит в том чтобы изменяющаяся графика верхнего слоя накладывалась на статичную нижнего. Однако при вызове repaint() для верхнего слоя перерисовываются оба слоя. Это не мои кривые руки, в английских интернетах такая проблема имеет пару ссылок в гугле, но пути решения не указано. Полагаю что такая беда связана с тем что метод repaint() выполняется для parent класса (в данном случае контейнера) и имеем то что имеем. Если есть идеи как с этим справиться напишите пожалуйста!!!!!

Попробуйте поставить opaque=true, но фон не заливать. В этом случае менеджер отрисовки считает, что Вы заполняете все пиксели верхней компоненты и не будет пытаться перерисовать нижнюю. 

http://www.skipy.ru/technics/gui_int.html - "Прозрачность компонент и смысл свойства opaque"
http://java.sun.com/products/jfc/tsc/artic...ting/index.html - это тоже почитайте