В длинном тексте ищется много шаблонов регулярными выражениями preg_match_all. Каждый шаблон своим preg_match_all.

Те шаблоны, которые было можно, я вынес в substr_count.

Работает preg_match_all медленнее substr_count.

Как-то можно на php существенно это всё ускорить или надо на C++ переходить (CGI?) и использовать всякие суффиксные деревья?

exec

Сомневаюсь, что даст прирост перевод регекспов на натив.