Почему бы закладки не сделать подсветкой строки. Или еще лучше полность их вид настроивать (цвет, подсвечивать ли строку).

Хотя лучше всего сделать, например, справа за скролом есть место, что-то типа карты документа.
Поставил метку - там тоже отобразилась, при нажатии на нее в карте - перемещаешься по документу на метку. Все наглядно и не надо вспоминать где какая метка. Потом на этой карте можно изменения в документе отображать (цветом помечать) - кликнул и переместился туда, где правил. Не много не понятно изложил мысль, если будет заинтересованность могу пояснить.
==========================
Поясняю: карта длинная узкая полоска,широной со скролл, высотой тоже со скролл. Символизирует собой документ. Т.е. если метку поставить в середине документа, на карте она тоже появится (например в виде черточки) в середине и т.д. аналогично. Например, если документ длинный и меток в нем полно, то ориентироваться в них проблематично, а с картой они все будут на виду и всегда будешь представлять где какая метка. Можно еще местоположение курсора на ней показывать, изменения в документе, видимую часть документа. Да много что можно разными цветами показать и все всегда будет перед глазами. Еще кучу настроек можно сделать - что на ней показывать и вообще показывать ли карту. В общем фрот работы большой.