Для меня универсальным значением времени является Unix time т.е. время в секундах - это значение всегда можно легко преобразовать и большинство функций языков программирования легко "проглатывают" такой формат, позволяя в дальнешем производить с ним любые операции.

Раньше я хранил значение времени в поле типа int, но недавно прочитал статью на хабре, что это мовитон и следует хранить дату и время в соответствующем формате. И я попробывал. Помучавшись месяца полтора, я понял, что это достаточно не удобно и основной причиной тому, стало то, что в стандартной инсталяции MySQL не дает получить время в секундах, даже если тип данных Datestam. Я знаю, что я могу преобразовать данные функцими MySQL в запрос, но зачастую я работаю с таблицами на более высоком уровне абстракции (запросы формуруют фреймворки). 

От сюда встает вопрос, рациональности использования форматов времени, если мне нужен записывать/читать Unix Time без дополнительных преобразований на уровне MySQL? Или я что-то не так делаю?

Отличный повод прекратить пользоваться фрэймворками.

MySQL в своем роде тоже фреймворк, инкапсулирующий в себе все сложность хранения данных и предоставляющий интерфейс их обработки в рамках языка SQL. 
В общем, Ваше предложение достаточно сомнительное, мне проще вернуть на хранение даты в int формате, нежели отказаться от всех плюсов фреймворков.