Добрый день, господа. 
Обычно подключаю внешние скрипты. 
А в страницах стараюсь использовать только HTML и библиотеки тегов, включая JSTL.
Так, действительно красиво, и удобно, когда JS не смешан с разметкой. 
Но, иногда возникают сложности. Как, допустим, сейчас. JavaScript у меня выполняет вывод сообщений различного содержания.
Используя jQuery UI приходится выводить различные названия для диалогов, содержимое диалогов и прочее. Проблема возникает в том, что все страницы локализированы. То есть, текст в них берется из каталога сообщений. 
Например:

Такую же абсолютно конструкцию можно внедрять в скрипт, который находится на странице в блоке:

А вот с внешним скриптом уже посложнее. Тем не менее я начал делать велосипед и делаю так. Внизу страницы в невидимый div помещаю все надписи, которые могут понадобится JS на этой страничке(а точнее маленькой части странички), страничка строится из 10 как минимум JSP-страниц, частей. Помещаю вот так:

И во внешнем JS к ним стучусь так:

Это же не дело. Выводить блок с сообщениями на страницу... А как по другому можно, пока что не могу понять. 
Если есть идеи - буду рад помощи. 

Взгляните на JAWR - http://jawr.java.net/docs/messages_gen.html
Может быть это то, что нужно

Достойной решение. Попробую внедрить.
+
Если у кого то есть другие - буду также рад рассмотреть.