Как настроить на веб-сервере php, чобы из php скриптов отсутствовал доступ к файловой системе на сервере вообще? То есть при использовании любых функций доступа к файловой системе извлечь каталог и непосредственно содержимое файлов не получалось.

Запретить доступ на чтение для того пользователя от чьего имени будет выполнятся скрипт.
Но откровенно говоря не вижу смысла в таком изврате.

Посмотрите в сторону chroot или даже виртуализации

[B]Fortop[B] это не поможет.

Если я правильно понял то чувак хочет отгородить свой сервер от хакеров и таких вещей как вебшелы.
В общем тебе не php нужно настраивать! Самый простой способ это отключить доступ к консоли и выполнению команд пользователя под которым работает сам веб сервер!