банальный пример - Lightbox, когда кликаем на окружающее его пространство, галерея закрывается. 
сама подсказка(слой/элемент) переключается через toggle().
вот структура,как сделано у меня появление эл-а.

Если поставить обработчик onclick на body чтобы скрыть все .tip, то показываться не будет вообще, видимо клик по предку как по самому считается, чтоль. Как можно решить проблему?
У самого LB решение слишком мудрёное и мне не понятное

будет, если сделать всё грамотно.

1) Вариант как у LB: повесить событие на все, кроме ссылок относящихся к лайтбоксу. Тогда клик по ссылке будет обрабатываться отдельно, клик по всему остальному закрывать.
2) Отменить всплывание события (подбробнее в статье в моей подписи).
3) Сделать промежуточный слой с затемнением и ловить клик по нему.