Создал например между двумя windows 7 VPN(PPTP) канал, это значит что любой трафик между ними будет шифроваться или только если отсылать его на те новые IP которые написаны в свойствах соединения?
Т.е. например чтобы включить удаленный рабочий стол мне надо пробиваться к IP с которым устанавливал VPN или на тот, что новый и написан в свойства-сведения VPN(и тогда будет безопасно), ведь там и у серва и у клиента другие IP.

Шифруется только тот трафик, который идёт ЧЕРЕЗ VPN. Т.е. трафик между удалёнными (локальными) адресами VPN-канала. Трафик же между внешними адресами не шифруется (за исключением трафика самогО VPN-канала).