Привет! 
Есть вот такой запрос:

на порядка 100К в таблице I и 1К в таблице T запрос выполняется почти 5 секунд...   не могу понять как оптимизировать запрос, и можно ли? 
Индексы на всех задействованных в выборке полях есть.
Пока склоняюсь к тому, чтобы добавить в tree поле items_count - но это не самый лучший вариант, т.к. изменения в таблице items происходят различными способами - везде придется  переписывать процесс изменения данных, 

Не самый лучший вариант не там, где вы его видите.
Чтобы не переписывать везде, можно добавить лишь триггер на инсерт, делит, модифай tree_id для айтем.
Действтельно плохо в таком подходе то, что ведение преаггрегации сераиализует процесс модификации аггрегируемых данных. Но если это лишь справочник товаров, полагаю, его модификация не будет производиться тыщщами транзакций в секунду стотнями сессий.

на всех тут не нужно.
Если айтемов классфицировано сущесвенно меньше половины и из них много не видимо, то индекса по паре items(tree_id,visible) будет достаточно.

Однако, полагаю что бОльшая часть товаров таки классифицирована и бОльшая часть товаров таки видимо, при таком раскладе индексы вобще не нужны.

На всякий случай - покажи explain...