Фантом, проверьте пожалуйста, получается ли у вас без нулей?

upd. Немного коряво, но итогового результата добился. Считал исходный файл "как есть" на 2160*4320+4320 строк, не создавая первые два столбца. Затем удалил 4320 нулей. Занёс полученные данные в массив и присоединил его к первым двум столбцам. Получилось то, что нужно: всё совпало, смещений и нулей нет. 
Буду рад, если подскажите более простое решение. Хотя, в принципе, можно считать что проблема решена.

P.S. Извиняюсь за оверпостинг. Думал, что сообщение приклеится к предыдущему.

Это сообщение отредактировал(а) spea - 28.10.2012, 10:52