Не знаю к какой теме отнести данный вопрос, ну вообщем в кратце, так как я в учебных заведениях программированию не обучался,то хочу спросить совет бывалых. Например создается программа с несколькими окнами и с большим количеством
процедур и функций. И что бы не запутаться в конечном итоге в стадии разработки  во всем этом,и не ходить по кругу,то хотелось бы узнать ,как начать разрабатывать поэтапный процесс. 
Ну такие вещи как: Написать все на листке бумаги это понятно,ну и конечно блок-схемы ,но может быть есть у Вас какие то профессиональные секреты? А может какие программы есть.

1-й секрет  - это начать. Честн слово, самое трудное.
2-й секрет - не накосячить в начале, потом... ну короче врагу не пожелаешь...

А вообще, надо документировать хоть как-то, я это уже понял, только вот не могу до конца дойти в каком это виде хотя бы начать делать, потому что код который был написан полгода назад никто не может понять, точнее как бы понять можно, но вот понять "какого оно именно так реализовано" весьма сложно... А искать какие-о функции, классы или ещё что-то подобное это вообще отдельная песня.

Как бы я не знаю, что сказать здесь на форуме уже как-то говорилось об этом... но если в кратце, то
1. Разрабатывается платформа(основа, ядро приложения, кому как нравится) - нечто явлющееся общим для приложения
2. Далее уже начинаются частности в порядке приоритета их важности/значимости/необходимости.

Я как-то общее более детально не могу описать...

Добавлено через 1 минуту и 37 секунд
А ну, и подцепите контроль версий кода - весьма полезно. Можно подвязать также redmine, задачи писать себе особенно если они не приоритетные весьма полезно.

Михалыч, где-то я читал о "заглушках".
Например, у тебя есть главная форма, на ней несколько кнопок, которые вызывают вторичные формы. Главная форма еще что-то делает, кроме вызова вторичных форм, вторичные формы что-то делают... Как ты пишешь,  "с большим количеством процедур и функций".
Так вот, ты первым делом на кнопки главной формы повесь "заглушки". Например, при нажатии на кнопку 1 выскакивает сообщение "Должна появиться форма Доп1" или другого содержания, которое тебе понятно. И так "заглушаешь" все кнопки главной формы. Подобным образом вешаешь заглушки на другие компоненты главной формы. Скажем, после двойного клика по изображению должно что-то обрабатываться. Вешай заглушку на этот двойной клик с сообщением "Должен вычисляться (появляться, исчезнуть...).....".
Потом начинаешь снимать эти "заглушки". Разрабатываешь форму Доп1 (если нужно, на ней также устанавливаешь "заглушки") и снимаешь "заглушку" с кнопки 1 главной формы: вместо сообщения "Должна появиться форма Доп1" при нажатии на нее действительно появляется форма Доп1. И так далее, шаг за шагом. Вешаешь "заглушки", потом, подготовив необходимый код или что там еще надо - снимаешь "заглушку".

есть еще такая крутая штука TDD называется, сам не пробовал но все говорят это очень правильная вещь.

BDD.

Вот интересная статья - ссылка.

Чуть не забыл.
Разработка через страдание.