Собственно проблема в том, что функция bootbox.alert('some text'); в опере не работает. Фон стает серым, все блокируется, но окошко сверху не выезжает. Ошибок вроде нигде не видно (впрочем с оперовским файрбагом знаком слабо). Это как-то фиксится или нужно менять библиотеку? В гугле почему-то глухо по этому поводу.

скорее всего, проблема с позиционированием, раз ошибок нет.

Эта библиотека - лишь оболочка для twitter bootstrap и работать должна нормально. Мне кажется ты что-то поломал (ну там зависимости какие-то, или css, или версии библиотек старые). Без полного кода страницы так не сказать.