В примерах к книге PRO JPA 2 используются аннотации к полям 

Код

@OneToMany(mappedBy = "department")     private Collection<Employee> employees;     public Department()     {         employees = new ArrayList<Employee>();     }  public void addEmployee(Employee employee)     {         if (!getEmployees().contains(employee))         {             getEmployees().add(employee);             if (employee.getDepartment() != null)             {                 employee.getDepartment().getEmployees().remove(employee);             }             employee.setDepartment(this);         }     }     public Collection<Employee> getEmployees()     {         return employees;     }

В примерах к Pro Spring 3 используются аннотации к getter

Код

private Set<ContactTelDetail> contactTelDetails = new HashSet<ContactTelDetail>();  @OneToMany(mappedBy = "contact", cascade = CascadeType.ALL, orphanRemoval = true)     public Set<ContactTelDetail> getContactTelDetails()     {         return this.contactTelDetails;     }

Что лучше использовать - аннотации к полям или к геттерам?
И нужно ли инициализировать Set или List - сам он не проинициализируется благодаря мэппингу?

точно не скажу, сам применял аннотации к полям - все получалось


сам он проинициализируется, только если в аннотации @OneToMany указать fetch = FetchType.EAGER

Согласно спецификации существуют два уровня доступа: доступ по полям(field access)  и доступ по методам(property access).   
пример field access :

пример property access:

приведенные сущности по сути полностью идентичны. Выбор уровня доступа зависит от предпочтения разработчика. многие используют proprty access считая код более читабельным.  
В спецификации сказано, что совместное использование property access и field access без явного указания уровня доступа недопустимо и может приводит к ошибкам.
При использовании доступа по полям, PersistenceProvider мапит все аттрибуты не помеченные аннотацией @Transient. Тоже самое, только наооборот. при сипользовании доступа по методам, - мапится по геттерам все, что не помечено @Transient.       
Явно уровень доступа можно указать используя аннотацию @javax.persistence.Access:

В данном случае мапится будет по полям, и аннотированные  методы будут проигнорированы при мапинге.

Проблемы field access:

• Доступ осуществляется к private членам класса, то бишь в некотором окружении это не допустимо, где конфигурируется строгий SecurityManager.
• В перемешку с BeanValidation (а его аннотации в некоторых случаях просто нельзя устанавливать на поля), может получиться каша
• Нет возможности переопределить какое-то поведение, возвращаемое значение. Такая необходимость правда редко возникает.
• При вызове любого метода, прокси будет инициализироваться. В случае с property-access при вызове getId(), просто возвращается ID. В случае с field-access прокси инициализируется. Это может ударить по производительности в некоторых случаях.

Проблемы property access:

• Намного сложней помещать какую-то бизнес логику в сущности. Например, свою валидацию, которая зависит от других полей. Когда Hibernate будет устанавливать эти свойства, он это будет делать в алфавитном порядке, соответственно зависимое свойство еще может быть не установлено.
• Нет возможности возвращать к примеру Collections.unmodifiableCollection(), потому как при работе с Hibernate это приведет к проблемам с производительностью, а в некоторых случаях и просто к исключениям.
• В двусторонней связи нельзя просто взять и в setXxx(Xxx xxx) устанавливать обратную сторону: xxx.setYyy(this). Поэтому приходится создавать package-private методы исключительно для Хиба, а обычные get-set используются в остальной части приложения.

Я лично предпочитая property-access за его всемогучесть, даже если придется что-то обойти, костыль всегда можно найти. В случае же с field access бывают ситуации, которые просто невозможно обойти (SecurityManager, BeanValidation, getId()).