Ребят, извините за нубский вопрос и долгое вступление!

Я поделываю сайты. Немного. Раньше поделывал сайты под WIndows и на денвере, естественно ни с какими проблемами типа прав пользователя и всего такого я не сталкивался.  Теперь делаю под убунту, apache+php+sql, ну, как положено. С линуксом в общем дружен, консоль там, пакеты, тыры-пыры.

Весь LAMP себе установил, нужные моды в Апаче включил, в sites-available конфиги сайтов положил и включил, hosts отредактировал, красота в общем. Проекты у меня расположены в "~/Projects". А проблема в следующем:

Я как и раньше, в WIndows, не особо разобрался, кому что разрешать. Когда встаёт проблема с доступом сервера к файлу, я просто выдедяю всю папку сайта, и ставлю разрешить "Всё и всем". Сейчас мне нужно выкладывать сайт на сервер, а как его грамотно, по науке, выложить, чтобы в правильных местах и только правильные юзеры его открывали, меняли и исправляли - я не знаю. В общем, из "programming = think + code + deploy" я не понимаю "deploy".

Подскажите пожалуйста, где набратьс... почитать про то, как нужно вообще web-приложения правильно выкладывать, хранить и всё такое? Какие-нибудь статьи, практические примеры, etc? 

Буду очень признателен за любую помощь! Заранее спасибо!

DocumentRoot правильно прописывайте. Надеюсь, Projects у вас не в каталоге /root расположен. Права на файлы обычно 0644, на каталоги — 0755 (могут быть исключения).

А нужно или не нужно менять владельцев у папок и файлов? Там "www-data" писать в owner?

владельца не нужно менять, поставь просто группу users.

это зависит от нужд проекта.
если тебе надо чтобы в под DocumentRoot из приложения можно было записывать информацию (на диск сервера), то нужно решить под каким пользователем бежать серверу или php интерпретатору.
иногда каждое приложение бежит под своим пользователем, иногда бегут под www-data.
обычно внедрение (deploy) делают из под целевого пользователя.
обычно стараются боевой сервер не трогать без предварительной тестировки на идентичном stage сервере.
обычно ведут версии кода и в репозиторий вставляют скрипт, который либо копирует нужные файлы на боевой сервер, либо с боевого сервера тянут код из репозитория, и иногда делают какие-то автоматизированные изменения (меняют шаблонами некоторые каталоги, и т.д.)