ширина блока задается в %, метод width() jquery дает эти самые %, хотя в должен по идеи как раз в пикселях, как получить реальную ширину блока в пикселях?

Все куда сложнее. Ширина - это совокупность нескольких величин (контент, границы, отступы и т.д.). Причем для разных ситуаций берутся разные комбинации оных.

.width() возвращает css-свойство. То есть, то же самое, что было задано в css. И ничего иного как раз возвращать не должно.

Узнать реальную ширину блока можно с помощью .innerWidth() и .outerWidth(). 
innerWidth - это ширина контента, некого прямоугольника, вплотную прилегающего к содержимому.
outerWidth - это ширина всего блока, с учетом всех border, margin, padding и т.д. Это некий прямоугольник, к которому прилегают соседние к блоку элементы.

Добавлено через 3 минуты и 28 секунд
Стоит заметить, что по-умолчанию .outerWidth() возвращает ширину без учета margin (.outerWidth(false)). То есть ширину блока, ограничивающегося заданными border-ами. Что, в принципе, наиболее логично подходит под значение "ширины блока".
С учетом margin ширину можно получить с помощью .outerWidth(true).

к сожалению, .innerWidth() и .outerWidth() тоже показывают %

Какая у вас версия jQuery? Согласно документации к последней версии, функция возвращает ширину именно в пикселях:
http://api.jquery.com/outerWidth/

jquery-1.7.1-доки я читал попробуйте сами

Так, что ли?

http://jsfiddle.net/ybKHd/
FF18 - ширина в пикселях.


Это уже старье =)