Здравствуйте.

Начал изучать пролог и наткнулся на непонятную ошибку при 
использовании рекурсии.

Напсал программку:
....................................................................
fact(1,1).
fact(N,F):-N>1, N1=N-1, fact(N1,F1), F=F1*N.
....................................................................

ввожу fact(2, X).

программа выдаёт false.

и тоже самое со всеми программами с рекурсией.

?

Судя по всему, изучать Вы его начали по какой-нибудь книжке, основанной на Turbo Prolog (он же PDC, он же Visual), а это было плохой идеей.
Дело в том, что "=" сопоставляет левую часть с правой, но не вычисляет значение выражения справа. Т.е. при первом же вызове fact(2,X) N1 будет сопоставлено с "2-1" (а то, что это на самом деле единица, получено не будет). Если надо что-то вычислить, вместо "=" надо пользоваться оператором "is", т.е. код превратится в такой: