У меня на локальной машине (так же как и на сервере хостера) установлен MS SQL Server 2008 R2. И Visual Studio 2010 с вмонтированным в него SQLExpress 2008.
Мне бы хотелось чтобы моё приложение работало не с Express сервером, а только с базой которая находится на MS SQL Server 2008 R2. Проблема в том, что параллельно с базой на «большом» (MS SQL Server 2008 R2)сервере, создались файлы в папке App_Data и там записываются строчки, когда я, например регистрирую нового пользователя. Не хочу, чтобы так было. (Когда сайт будет развёрнут на хостинге, то там, наверное будут возникать ошибки из-за того, что приложение обращается к бд которая находится в папке App_Data). Подскажите, пожалуйста как отключить обращение приложения к папке App_Data. Чтобы можно было вообще стереть эту папку и о ней забыть навсегда.

речь про дефолтовую настройку безопасности я так понимаю? Дефолтовая настройка на то и дефолтовая, чтобы ее поменять.
Наверно вы используете  SqlMembershipProvider ? У него есть в настройка свойство connectionStringName - это имя строки соединения из секции connectionStrings. А вот для roleProvider-а по умолчанию вроде бы отсуствует такая штука, но это решаемо. Подробнее - вам надо просто написать свой roleProvider и profileProvider (если вы его используете).

Пример: http://blog.tchami.com/post/Changing-Membe...-to-server.aspx