Есть программа (создана на C# .NET4), которая устанавливается с помощью  инсталлятора, сделанного в Innosetup. Инсталлятор предлагает сразу же запустить программу после установки.

Вопрос1. Запускать программу с правами администратора (чтобы Innosetup сразу запускал программу  с правами админа). При этом ничего страшного, если будет выдаваться окно с вопросом - запустить ли с правами админа.

Вопрос2. Программа имеет опцию добавления в автозагрузку (таким образом она появляется в окне Автозагрузка msconfig). Опять же нужно чтобы при автозапуске программа запускалась с правами администратора. 

Уточню, задача касается Windows XP, Windows7 и Windows8

но  это не лучший вариант, пользователь Администратор может быть отключен

Добавьте в app.manifest следующие строки