В проекте будет использоваться MongoDB и MySQL. Для комфортной работы хочу использовать ORM Doctrine 2 для быстрой развязки на обе DB. Насчет MongodDB вопросов нет. Работа с MySQL предполагает использование нестандартных запросов с использованием  большого количества джоинов(примерно 60-70% всех запросов). Так вот стоит ли овчинка выделки в этом случае? Проект будет работать на ZF2 и вопрос стоит стоит ли использовать Doctrine 2 или же стандартный Zend/Db ?

Используйте стандартный Zend/Db

Этот ответ добавлен с нового Винграда - http://vingrad.com