Ситуация такая: на сайте переодически запускается скрипт парсер, который долго работает. nginx не дождавшись ответа от php отправляет 504 Gateway Time-out, сам скрипт продолжает работать.
Проблема в том, что пока этот скрипт работает - не загружаются другие страницы.
Конфиг fpm:


Может кто то сталкивался с такой проблемой?

Это может быть что угодно. Нерабочий косячный, скрипт, ограничение по процессам, по работе процесса.  Есть конечно вариант, в nginx подкрутить кое-что... но не факт что это нужно... проблему поищите в логах.