Здравствуйте, получается следующая ситуация:
Есть функция объявленная следующим образом:

Функция вызывается дважды, в одном месте с переменной a[5][100], где все нормально, и в другом, где a[5][98], на эту строчку компилятор ругается. Почему? Ведь фактически мы ждем массив большего размера...

Компилятор - молодец!



Где ждём? В function()? А если у Вас в function() встретится конструкция вида то для массива a[5][98] это будет выход за его пределы. Если уж написали a[][100], то будьте добры обеспечить эти самые 100 элементов. 

Учтите так же, что двумерный массив a[5][100] представляет собой единый участок памяти размером sizeof(a) * 5 * 100 байт (в сущности это одномерный массив ptr[5*100]), и местоположение элемента a[i][j] компилятор рассчитывает исходя из числа элементов строки (ptr[j+i*100]). Если определён другой массив aa[5][98], то для одних и тех же индексов i и j местоположение элемента a[i][j] относительно начала массива (то есть i+j*100) будет иным нежели для элемента aa[i][j] (то есть i+98*j). Иными словами это два разных массива с точки зрения доступа к элементам.