Допустим у нас есть отношение 1 ко многим. 

1 вариант. студент и группа. наверное тут логично иметь и со стороны студента ссылку на группу и из группы на всех студентов.
то есть у нас есть студент - у него ссылка на объект группы, а у группы есть коллекция студентов.  И хотелось бы при добавлении студента в группу(добавление и в коллекцию и выставление обратной ссылки), чтобы изменения заносились в базу и при  
и при?

как сделать такой маппинг?
2.Работа со справочником
Есть допустим у нас есть Машина и Цвет
у машины один цвет(ссылка на переменную). Цвет, соответсвенно, может быть у многих машин, но хранить у класса цвет коллекцию машин - нецелесообразно.

а теперь хотелось бы понять ещё как это делается для отношения многие ко многим?

Например у меня есть Студент и Предмет
у студента коллекция предметов
у предмета коллекция студентов

Хочу чтобы по вызову session.update любой из сущностей(студент или предмет)  данные в промежуточную таблицу заносились.

Я вообще правильно понимаю двунаправленность у hibernate?

многие ко многим смотреть здесь 
http://javaxblog.ru/article/java-hibernate-3/

Есть два понятия связи унодирекция и бидирекция. По сути, связь сама по себе не меняется, просто ты можешь добавить связанное поле при желании. Но не забывай в этом случае про лэйзи инициализацию! Т.е. бидерекция != хорошо.


Тут другое, за это отвечает cascade. См. javax.persistence.CascadeType


не со всем. Связи (one-to-many, one-to-one, many-to-one, many-to-many) и бидирекция разные вещи. 

Сейчас проверил. а вот и нет. Если и студент и группа в базе уже есть. я их из базы забираю, сессию закрываю. потом добавляю в соответствующие коллекции, открываю сессию и делаю апдейт для любой из сущностей, то связь полюбому появляется в промежуточной таблице