растащил код JS По разным файлам и фсе файлы подключил к страницею. Пощёл далще и прищёл к необходимости по клику который отслеживается в одном файле запустить функцию из другого файла - как это можно сделать? 

Areostar, А раньше, когда оно было в одном файле, все работало правильно?

Может и сейчас все будет работать? Броузер исполняет все скрипты, вообще говоря, в одном пространстве.

Есть мнение у оптимизаторов сайтов, что у кошерной страницы должен быть только один JS файл и один CSS. Так что резать на кусочки нужно с умом и по необходимости.

Ничего делать и не нужно, все так же как и в одном файле. Если, конечно, скрипты не грузятся асинхронно и в одном из них не происходит прямого обращения к другому. 
Асинхронно скрипты могут грузиться если указать 

либо добавлять скрипты через DOM