#include <cstdlib>
#include <iostream>

using namespace std;

int main(int argc, char *argv[])
{
int N=0;
int i=0;
int j=0;
int x=0;
int q=0;
int p=0;
int a[50][50];
FILE *in=fopen("input.txt", "rt");
FILE *out=fopen("output.txt", "wt");
fscanf(in,"%d",&N);
for(i=0;i<N;i++)
{
for(j=0;j<N;j++)
{
fscanf(in,"%d",&a[i][j]);
}
}

for(i=0;i<N;i++)
{
x=a[i][q-1];
a[i][q-1]=a[p-1][i];
a[p-1][i]=x;
}

for(i=0;i<N;i++)
{
for(j=0;j<N;j++)
{
fprintf(out,"%d ",a[i][j]);
}
fprintf(out,"\n");
}

fclose(in);
fclose(out);

system("PAUSE");
return EXIT_SUCCESS;
}

Так задайте правильные p и q (1<=p,q<=N). А то им у Вас заданы нулевые значения:
и всё. При этом особенно красиво смотрятся индексы p-1 и q-1: