Чтобы можно было увидеть полностью все ресурсы, библиотеки и т.п. изменить и вставить в IDE, есть такие программы? Вставить в IDE, значит скопировать в Android Studio, Eclipse... и спокойно запустить, есть программы с нормальным интерфейсом? Замучился с Dex2Jar

Чтобы увидеть исходный java код приложения android, его нужно декомпилировать. 

помнится ресурсы и манифест  открывались с помощью framework-res, ссылка здесь:
framework-res

PiyodaiSiyo
спасибо за ссылку