Могу ли я на одном компе поставить два MySQL сервера и наладить на одном из них мастера на другом реплику?

С этим разобрался

Вопрос ещё такой:

С репликой активно работают. и выполнение запросов может наложиться во времяни на работы по репликации!

Как можно этого избежать? 

А если быть по точнее то может быть запущен тригер который заблокирует к примеру одну из таблиц от других процессов. и репликация несможет произайти! что делать с этой проблемой!? 

Это не проблема. Проблема скорее всего в плохом понимании назначения репликации. Судя по описанию, у тебя она односторонняя - но в таком случае изменение слейв-реплики лишено смысла.

Имеется большая база данных(бинарные аукционы) в которой постоянно происходит изменения.

С БД снимают реплику чтоб работать с ней - получать статистику!

Как избежать наложения репликации исчитыкания информации из бд! Если это можно! или чтоб хотябы процессы немешали друг другу!

Это означает, что реплика используется только для чтения. Значит, изменяет данные только процесс репликации, и никаких конфликтов и проблем не будет. Единственная опасность - получение статистики по неизменённым данным, когда транзакция внесения изменений не завершилась. Но "запаздывание" в данном случае неизбежно.