Есть клиентское приложение Windows.
Нужно сделать так, чтобы пользователи могли авторизаваться к базе только из него, а не через MS Visual Studio или других СУБД.

Пока только вариант: при создании пользователя на клиентском приложении хэшировать пароль и писать в таблицу users хэш.

На клиентском приложении пароль, известный пользователю и вводимый при настройке или старте, должен трансформироваться в нечто, что собственно и будет использовано в качестве пароля при аутентификации. Каким кодом ты это организуешь, как защитишь код от взлома и получения истинного пароля, а трафик от прослушки и расшифровки пароля - другой вопрос.