У меня есть персонаж, которому я хочу сделать функцию прыжка. Во втором потоке, я создал такой вот код:

А также есть таймер который, каждые 20 милисекунд запускает этот метод run и еще один метод из основного потока, для движения по горизонтали. По сути, когда срабатывает таймер проверяется не нажата ли кнопка пробела и если нажата то активируется условие, а вместе с ним цикл. И дальше при каждом повышении персонажа на один пиксель, должно перерисовываться все, но почему-то перерисовка происходит только в конце после выполнения цикла. Почему? 

Подозреваю что вызов метода repaint происходит не из UI потока.

Есть смысл посмотреть, как работает Swing UI - он действительно отрабатывает в отдельном потоке и лушче работать внутри него через SwingUtilities.invokeLater
Вот с чего можно начать: https://docs.oracle.com/javase/tutorial/uis...cy/initial.html