Отслеживаю изменение файловой системы.
Если точно, то появление новых файлов в папке с помощью FileAlterationMonitor.

Если появился новый файл, то копирую его в определенное место.
Так вот, если файл очень большой, то событие на его появление приходит раньше, чем он скопируется в эту папку.
В результате, при попытке его скопировать в новое место происходит исключение.

Можно ли как настроить FileAlterationMonitor, чтоб событие приходило, когда файл полностью скопируется.
Или каким-либо способом дождаться самому полного копирования ?

На уровне ОС нет такого понятия - "файл полностью скопировался". 
1. файл создается - атомарная операция
2. файл открывается на запись - атомарная операция, из внешних проявлений разве что блокировки файла
3. в файл пишутся данные - не атомарная операция, когда изменения станут видны сторонним процессам трудно предсказать
4. файл закрывается - записанные данные становятся полностью видимы всем

Если файл маленький то просто фазы 1-4 успевают выполнится до того как твой код выполнится, если большой - нет. Какого-то общего решения - нет.
Ты контролируешь код который пишет файлы в папку?

Нет, это делает другой процесс.
Может у FileAlterationListenerAdaptor отслеживать не onFileCreate, а onFileChange и проверять на canWrite?

Тогда остается только мониторить изменения файла, если файл не менялся Х секунд, считать что все.

Можно отслеживать изменения файла и через некоторое время (пара секунд) пытаться открыть файл на запись.

Как-то так:
File file = new File("путь к файлу");
FileChannel channel = new RandomAccessFile(file, "rw").getChannel();
Если получишь исключение, то ждать еще.


Этот ответ добавлен с нового Винграда - http://vingrad.com