mysql выводит запрос в slow log при нормальных индексах..
таблица innoDB, запрос довольно частый, пишет в базу при каждом обращении к ресурсу(примерно 200 человек в день, 1 http запрос в 5 секунд)
собственно запрос:


Выполнение длится одну секунду, хотя Rows_examined: 2  Rows_affected: 1
Бывает не часто, раза три за день.
Есть конечно подозрение, что это из-за того, что сервер виртуалка, может нагрузка на диск идти с соседней виртуалки, но все же, секунду!
Остальные все запросы в логах отсутствуют, хотя есть и потяжелее запросы

а какая структура таблицы user_sessions ?

Этот ответ добавлен с нового Винграда - http://vingrad.com

структура таблицы:


индексы
User    BTREE    No    No    User    132    A        
                                                Opened    238    A

explain UPDATE user_sessions SET Requests = 40, Stop = 1466255359 WHERE (User=100609 AND Opened=1);
id    select_type    table    type    possible_keys    key    key_len    ref    rows    Extra
1    SIMPLE    user_sessions    range    User    User    5    const,const    1    Using where