собственно вопрос в этом

как drap and drop работает в javascript?

во-первых drag'n'drop.

во-вторых, что именно вас интересует - возможность перетаскивания абсолютно позиционированных элементов страницы или возможность переноса данных в MSIE?

Слоями, всё слоями. Ловишь нажатие мышки на слое, запоминаешь относительные координаты нажатия по отношению к координатам слоя, после этого отслеживаешь перемещение мыши, читаешь её координаты и перемещаешь слой на соответствующие координаты. По отжатию - оставляешь слой там, где он лежит - ну или там делаешь, что нужно...