У меня файлы проекта лежат в разных каталогах, при этом stdafx.h лежит где solution. исходники, лежащие во вложенных подкаталогах включают #include "..\stdafx.h". но ошибка компиляции - unexpected end of file while looking for precompiled directive. почему?

Так устроены предкомпилированные заголовки в VC++. Препроцессор определяет место вставки для предкомпилированного заголовка по директиве #include "имя-файла", а не #include "путь/имя-файла". Просто напиши #include "stdafx.h" и не мучайся, т.к. каталог, в котором лежит солюшн, должен быть среди путей поиска заголовков. Если по каким-то причинам его там не оказалось, сделай это сам (C/C++ -> General -> Additional Include Directories).

ууу..это гадость. Возникла у меня кстати при добавлении #pragma once

но у меня она как раз выличилась именно добавлением "stdafx.h", хотя этот файл у меня вообще в каталогах моих не лежит, у меня компилятор сам его находит. Попробуй тоже без пути проинклюдь, может поможет?