Представим небольшой проект, определющий набор фабричных интерфейсов и использующий их. Особенность в том, что инициализацию фабрик проводится внутри проекта.

Один из методов реализации: в конфигурационном файле проекта описывается, какими классами нужно инициализировать фабрики. При старте проект читает файл, сознает необходимые экземпляры. Особенности: необходимо в документации проекта декларировать наличие определенного конструктора (чаще всего - конструктора без аргументов). В противном случае, фабрику, реализующую нужный интерфейс, может быть невозможно создать. И соответствие реализации необходимым ограничениям можно проверить только самому.

Вопрос:
какие шаблоны, готовые механизмы используются для решения подобной задачи.
Подобную задачу решает штатный java механизм, использующий META-INF/services, на сколько он "кошерен"? Может есть более качественные/удобные решения?

Это классическая задача для шаблона проектирования Inversion of Control и облегченных контейнеров, например PicoContainer, Spring или веб-фреймворка WebWork. Упомянутые библиотеки этот шаблон реализуют.

Про Inversion of Control можно почитать здесь на английском или на русском.

Задача-то классическая. Но мне не хочется тащить целый фреймворк для инициализации одной-двух фабрик.

PicoContainer - размером 99К

Мне у Pico лицензия не нравится. Есть GPL'ные аналоги?