Допустим на апп-сервере работает ЕЕ-система - состоящая из нескольких подсистем ...
Меня интересует разрабатываются ли какие то модули, управляющие ее-приложениями ? (что то типа административного интерфейса... - не знаю как правильнее сформулировать )
Если да, - то как подобные приложения организовуются ?

Если кто сталкивался - в двух словах (для старта) - изложите что за зверь "JMX" - для чего вы применяете его в своих проектах ?

В принципе каждый сервер приложение имеет свой собственный admin-tool, который позваляет сделать настройку все компонентов. Не уверен, что именно об этом тема, но вот например я знаю наличие таковых у JBoss и Sun Java System Application Server. Они обеспечивают подключение новых компонентов, контроль за их деятельностью, контроль за дополнительными сервисами (например сервис Очереди сообщений) и много другое, в общем типичный Admin-tool.
Если я попал в тему, то мне кажется лучше использовать стандартные средства. Врядли создание собственных будет оправданным....