Как сделать, чтобы скрипт сам через определенные промежутки времени запускал процедуру. Тоесть необходимо запустить скрипт всего один раз, а потом он сам уже будет работать самостоятельно.

Ставь Refrash на страницу:

где: x —время в секундах

Но это работает только когда пользователь просматривает данную страницу. А нужно чтобы скрипт сам периодически запускался, даже когда на сайт в течении продолжительного времени никто не заходит.

Тогда только задание для cron-а делать.
nnCron для виндов: http://www.nncron.ru/index_ru.shtml