Ситуация следующая.
Допустим на сайте вместо обычных картинок вставляется скрипт. Например <img src=”Script.php”>
Скрипт в свою очередь выводит мне нужную картинку.
Вопрос. Можно ли узнать размеры этой картинки или нет? И если это сделать можно, то есть ли способы сделать так чтоб размер картинки узнать было невозможно?

Скрипт в любом случае будет формировать и выводить в браузер изображение, так что скрыть его размеры неполучится.
Можно сделать размеры картинки непостоянными - рандомом в пределах 5-10 пикселей изменяй его постоянно. Может это тебе поможет.

А размер картинки можно скрыть вставляя изображение, построенное во флеше.

Тоесть я правильно понял, скрипт с другого сайта зайдя ко мне сможет определить размеры картинки, выведенной таким способом, в любом случае?

Если размер твоей картинки не будет прописан в параметрах width и height тега img, то это будет посложнее, но всё-равно скрипту ничего не мешает загрузить эту картинку к себе на сайт и посмотреть размер (автоматом).