mysql_connect(host,login,password).  Какие есть варианты , чтобы избежать открытой передачи этих параметров или как передавать в качестве пароля password=md5("qwerty")  - к примеру 

Ну к примеру можно в БД добавить пользователя, пароль у которого будет MD5-хэшем от реального пароля.
Ещё наверно можно через SSL подключаться, указав в качестве хоста host:443 

Ок. Понятно . А так на практике  и пишут в *.php   connect(,login,"qwerty") ? т.е. если украсть скрипт то  будет получен доступ 

На практике тяжело украсть скрипт  

я бы так не был самоуверен  !  Дело техники и хитрости!