Возможно стоит так же проверить атрибуты данных файлов? 

Ещё есть функция filetype(), которая возвращает тип файла, в типах присутствуют также file и dir. Только перед вызовом нужно вызвать clearstatcache(), т.к. эта результат этой функции кэшируется. 

Я практически уверен что все эти функции работают одинакоао просто проверяя аттрибут файла - является ли он директорией.
Думаю разницы никакой не будет... Имя файла просто невалидное. Так бывает.
IE например частенько создает файлы, которые даже средствами самой винды (explorer) а так же TC или Far не удалить.
Вот так.
Приходится заходить в папку и делать c:\temp>erase *.*
Так удаляет.
А по другому с такими файлами ничего не сделаешь. Вот такое мегатворение от Майкрософт. 

По-моему, это просто Windows не разрешает. В этих папках копаться - себе дороже, программисты Windows там такого намутили! Система как-то по особому себя ведет с этими каталогами и с файлами внутри них. Вполне возможно, что это даже и не файлы, а ссылки на файлы.

P.S. А файловая система-то какая? 

Я тож думаю, что все эти функции просто проверяют атрибуты. пробовал и filetype()  - тож самое. я подумал так - если не могу предотвратить - то буду бороться со следствиями этой ошибки. пришлось сделать так - если он начинает в файл заходить - много раз подряд - я это просто отслеживаю и возвращаю функцию на то место, где он начал глючить. Начинаю со следующего файла. Так оно конечно коряво, но как бы пока что другого выхода я не нашел, а так вроде работает. ))

Добавлено @ 11:18 
Файловая система NTFS,
а ссылки filetype возвращает link 

Ну дык сделай проверку на link, и, ежели это link, то просто игнорируй!