Зарегистрировал домен через хостера. Сам не знаю зачем так сделал.
Этот домен вообще не собирался использовать на хостинге.

Естественно он был зарегистрирован на хостера, я фигурирую в качестве админа. 
Как теперь быть? Просить их прописать другие ДНС сервера? 

Для начала внимательно прочитать договор с хостером о предоставлении услуг. Если есть за что зацепиться, то лучше полностью переоформить домен на себя.