Вопрос: 
              при наличии flash-объекта, вне зависимости от установленного z-index, слои не перекрывают его.
              select, вне зависимости от установленного z-index, виден сквозь абсолютно позиционированные слои.

Решение:
У флеша бесконечный z-index, если он отображается в windowed mode. Чтобы его укротить, нужно прописать <param name="wmode" value="opaque"> в object и, соответственно, атрибут wmode="opaque" в embed (если он используется). 

Другая больная тема с z-index'ами - select в IE < 7, два основных воркэраунда - перекрытие iframe'ом и скрытие селектов на время показа абсолютного слоя скриптом.
Автор: SelenIT Источник: Vingrad