Сейчас изучаю  сервлеты и JSP. 
И возник вопрос:  каким образом правильно проектировать веб-приложения, написаные на технологиях Java?

Например, хотелось бы попробовать написать сайт со списками новостей и подобными уже стандартными опциями. Но интересует как можно все это спроектировать с наибольшей гибкостью.
    Я делал так:
    Создал один главный сервлет и несколько JSP страниц.
    Каждая ссылка была вида http://host/servletname?action=home
    где servletname это имя главного сервлета. Главный сервлет обрабатывает событие action, выбирает соответствующий адрес страницы и с помощью requestDispatcher.forward(..) кидает на запрашиваемую ссылку.

Для связи с базой через JDBC использовал простой bean компонент.
Глобальные переменные хранил в контексте.
Вроде все работало. Правда при таком подходе практически очень сложно разделить логику и вид, так как в JSP страницах довольно много кода даже с использованием bean компонентов.

Хотелось бы узнать как правильно спроектировать такой сайт и что для этого надо изучить (фреймворки?) , а также  очень хотел бы знать какие проекты чаще всего делают на Java.

Da. Frejmworkov o4en' mnogo dlja tvoih nuzd podojdjot Struts ili JSF.

Пасиб   

Я бы посоветовал в сторону Spring Framework взглянуть. Лично мне он очень понравился. Еще почитай книги по архитектуре корпоративных приложений.. например такую