Существует справочник в нем есть группы и подгруппы и записи в них.нужно сделать процедуру чтобы она помечала все объекты на удаление(группы и подгруппы).я смог сделать только чтобы пометка делалась на одну группу(142).

***********************************************************************************
Процедура Сформировать()
    перем СпрН;
    ОчиститьОкноСообщений();
    СпрН=СоздатьОбъект("Справочник.Номенклатура");
    Если СпрН.НайтиПоКоду("142",0)=1 Тогда
      Если Вопрос("Пометить для удаления группу",4)=6  Тогда
          СпрН.Удалить(0);
    иначе 
        Предупреждение("Подразделение не найдено.");
    КонецЕсли;
       ОткрытьФорму("Справочник.Номенклатура.ФормаСписка");
       КонецПроцедуры
**********************************************************************************************************************************************************************

Вообще 1С при интерактивном удалении группы помечает и все вложенные элементы на удаление. Или проблема в том, как это сделать программно? Рекурсия форева!

Если тебе надо пометить на удаление ВСЕ (???)  элементы справочника то это можно сделать так:
        
        Спр = СоздатьОбъект("Справочник.Номенклатура");
    Спр.ВыбратьЭлементы();
    Пока Спр.ПолучитьЭлемент() = 1 Цикл
        Спр.Удалить(0);
    КонецЦикла; 

Если чего я не правильно понял вопрос - пиши будем разбиратся

Огромное спасибо!! 

Нет, ему нужно было только одну группу пометить. А для этого пере применением в твоём случае метода выбора элементов:
Нужно ещё добавить Метод ИспользоватьРодителя(), где параметры указываютсья в соответствии с документацией или синтаксис помощником.