Здравствуйте. Подскажите пожалуйста, как реализовать флуд контроль в гостевой книге, так чтобы пользователь (с одного IP) мог отправлять не более 1 сообщения в минуту или 5 мин.

Если гостевая на БД, то просто проверяй запись с таким айпи и временем.
а если на файлах, то читай последнюю запись, и то же самое

форма
<INPUT .... name и message

И есть таблица SQL с полями id, ip, name, message; 

Т.е. лучше сделать сравнение по IP и времени общего или часов и минут? секунды не сравнивать?

не понимаю, что ты имеешь в виду под "временем общим".
Если у тебя в базе нет времени отправки сообщения, то вообще никак. Хотя обычно в гостевых время пишут.
Сравнить время в запросе с точностью до секунд не сложнее, чем до часов.

еще можно ставить куку с временем жизни 1-5мин., и перед повторной отправкой проверять на ее наличие.

Emm, от целенаправленного флуда это, разумеется, не поможет.

в таком случае, удивительно, что ты ещё ничего в этой теме не сказал про нереальность стопроцентноверного определения IP