Пишу в Rational Application Developer пол webSphere.

Нужно в конструкцию изменять значение параметра.



Как считывать я нашел. В классе пишу....



Как записать туда другое значение?

Создание структуры XML

Не понятно ? Вы когда хотите менять?
Если во время разработки, так просто изменяйте значение в файле web.xml
Если вы хотите изменять во время выполнения, то не значение самого же параметра. Так как после его   считывания в переменную вы можете изменять значение самой  переменной.

Или вы хотите. чтобы значение параметра изменял администратор приложения. Уточните вопрос, поскольку он совсем непонятен. 

При регистрации в приложении пользователя, должно записываться значение в XML. Грубо говоря, дата последнего входа в приложение.

а что используется? DOM или SAX? или еще что то другое?

В первом посте приведен пример какого-то конфига, и фрагмент кода ДЛЯ ЧТЕНИЯ КОНФИГА, а не некоего абстрактного "XML".
Это вообще никак не связано с пользователькими данными, коим является дата последнего входа. Если система (сервер ваш) требует, чтобы это значение где-то сохранялось, то, во-первых, странно, что она сама этого не делает, во-вторых, если даже не делает, то должна предоставить какой-то интерфейс для "делания", ну а в-третьх, наиболее вероятно, что примеры в первом посте вообще не имеют ничего общего с вопросом.
Если вам нужно просто сохранить в каком-то обработчике какого-то события данные в какой-то XML-файл, то нужно, как написал seth, определиться с парсером, для вас скорее всего ДОМ подойдет лучше, прочитать этот файл парсером (зачем это делать в веб-приложении - отдельный вопрос), добраться до нужного узла по известному пути, и сохранить новое значение. Как - документация выбранного парсера ждет своих героев.