Замеряю работы дискретного и быстрого преобразования Фурье. Замеряю при помощи QueryPerformanceCounter и DateTime.Now.
выполняю такой вот код:

аналогично для БПФ. после подсчета времени оказывается что по QueryPerformanceCounter (обертка через counter) ДПФ выполняется ровно на 1 сек дольше(1.34 против 0.34), а для БПФ ровно (0.015)
Кто может объяснить такой парадокс?на мсдн вычитал что QueryPerformanceCounter вроде плохо ладит с многопроцессорными системами. так ли это? и почему тогда БПФ нормально считает?пробовал до начала подсчета запускать QueryPerformanceCounter  и сбрасывать.не помогло.

Да это так, потому что процессор может перекидывать процесс между ядрами, а некоторые отличившиеся особи еще и изменять частоту.
Кроме того QueryPerformanceCounter это еще и api функция, т.е. неуправляемая.

измеряй либо через DateTime.Now, либо через DateTime.Now.Ticks, еще есть класс StopWatch который по заявлению Microsoft заменяет QueryPerformanceCounter.

Разобрался. Они там в Редмонде умеет мозги пудрить  Использовал Milliseconds вместо TotalMilliseconds. А первая есть ни что иное, как TotalMilliseconds % 1000. Что собственно и приводило к потере секунды.