Есть такой вот массив строк:
String[] arr=.....;
Нужно создать другой массив, той же размерности  и по необходимости использовать новый тип массива.
В итоге должен быть Integer[],Double[],String[] И т.д.
Создать новый массив нужной размерности и типа вроде не проблема:

Получу в итоге например Integer[],а как теперь заполнить newArray значениями из arr?
Можно конечно наплодить кучу условий instanceof и в зависимости от них приводить типы: 
Ну и в таком духе для каждого типа, но имхо как то криво.
И как это преобразовать под матрицы?

Грамотное применение идей Полиморфизма решает большую часть подобного рода проблем. 

ivg, полностью согласен.
Правда, могу сделать предложение для простоты - скакать от String, т.е. приводить все типы к строке, а потом к нужному типа.

А как ты вообще, из String собираешься получать Integer, Double и т.д.? У тебя есть некий универсальный конвертер, который может из строки получить произвольный тип?

А разве вот этот код не позволит мне создать массив требуемого типа?:


Класс элементов то я знаю...

Наверное криво объяснил, но изначально есть String[] кот. содержит строки, вот их то и нужно привести к новому классу.
String[] приходит из HttpServletRequest
.......................................

Вот он и String[] который содержит значения параметров формы, они всегда будут приходить в виде строк.
Есть еще бизнес-логика в ней уже используются конкретные массивы Integer[],Double[] и т.д. Хранятся эти массивы в Object.
Такая последовательность получается:
получаю String[]->получение нового массива->сохранение нового массива в Object->
Поэтому мне нужно превести массив String[] в нужный массив. При этом какой класс я знаю(указан ввиде строки).

Если у теба используются Double, Integer ... а не double, int ..., для каждого используемого типа нужно создать фабрику, создающую объект нужного типа из строки.
В случае 2-, 3- мерного массива элементы массива будут массивами.
Тип элемента массива можно получить так:

Массив - позволит. А дальше тебе нужно будет как-то разбираться с элементами этих массивов.