JFreeChart для графиков 3D использует Java2D.
Хотя если использовать Java3D например, то эффект будет значительно лучше.
Чем вызвано такое ограничение - есть какие-то предположения?

Лишняя и ненужная зависимость, не добавляющая приложению стабильности, т.к. в ходу в основном именно 2D чарты, псевдо-3D - как бонус.

Да - но если не будет в системе установлено дополнительных библиотек, необходимых для 3D, то та часть, которая делает 2d графики (которые в ходу)
будет прекрасно работать. И устанавливать дополнительные библиотеки, пока не захочешь запустить и 3D графики, не надо.
А как это может сказываться на стабильности? Я этот момент не понял совсем. Библиотеки jar или dll для java3D создают какую-то нестабильность?

что за эффект и чем будет лучше?

Ну просто взгляните на картинку псевдо-3d, сделанную на том же Jfreechart, и на картинку сгенерированную Java3D - по моему разница видна сразу (текстура, тени, освещение, поворачивание в любой оси на любой угол и тд). 

Графики с бэкэндом в виде Java2D - работают везде. Это просто и действенно. Предугадать, как там у пользователей обстоят дела с 3д нельзя. Много машин, много конфигураций, часто кривых. Пользователи привыкли, что типовые десктопные приложения не требуют 3D, например Word - если он запустился на машине, то и наверняка без проблем нарисует свои графики. И тут пользователь сталкивается с программой, которая ради рисования каких-то красивых 3д графиков, которые ему в принципе и на фиг не нужны (ему и двумерных более чем достаточно), тянет за собой D3D или OpenGL (непонятно еще каких версий), которые у него как назло не работают. Это нестабильность - в то время, как офисные приложения будут рисовать псевдо-3д графики, Java3D-based приложение вообще ничего не будет рисовать.

Ну и, как я писал, OpenGL вроде требует наличие окна для инициализации контекста, поэтому сделать консольное приложение, которые бы просто рендерило картинку в файл без применения хаков вряд ли получится. 


Шейдерами можно симпатичные заливочки сделать 

Добавлено через 49 секунд
Повторюсь. Я думаю, что основная причина - большинству приложений статические 3d-графики не нужны.

Да в том то и дело, что если пользователь запускает 2d график то система его не спросит про библиотеки java3d - они запустятся на java2d спокойно. Вопрос возникнет только когда он захочет 3d график в той же программе запустить.

Речь у нас про JFreeChart. Внимательно посмотри на них - там нет графиков, для которых нужно 3d. Т.е. там нет графиков, которые бы строились по трем измерениям (и более) и требовали трехмерной системы координат. Например вроде такого http://cosmologist.info/cosmomc/pics/4D.png (тут аж по четырем измерениям). Видимо у них не стояло такой задачи. Я бы на их месте только ради того, что бы было еще красивее, лишние сущности не привлекал.

Впрочем, рассуждать тут можно долго - стоит спросить у разработчиков. Project Leader пишет на тамошнем форуме следующее:



Почему он считает, что "OpenGL is a bad idea" можешь у него спросить сам