Передаю из контролера строку с помощью ViewBag.X на страницу,

На странице строка отображается корректно, т.е. на страницу она приходит нормально 

Строка имеет вид "\S+p=\d+(?=">\d+</a>" это регулярное выражение.

а если написать Alert('@ViewBag.X') то из нее удаляются все "\" и спец символы пишутся кодами хтмл, т.е. javascript что то делает при попадании в него строки.

Может это какой то режим включен или как быть

надеюсь, это выглядит как /\S+p=\d+(?=">\d+</a>/  то есть без кавычек.

это ты исходный код страницы посмотрел? или нет?
сдается мне, это какое-то экранирование ASP.NET и спрашивать надо там.
у джаваскрипта никакого режима "а теперь, корежь все строки подряд" нет.

Строка без кавычек. 

Alert('@ViewBag.X') - это я для проверки какую строку он выводит, и вот видно что он без слешей и все спец символы кодами хтмл, просто вот еще такая тема с русскими буквами. Если строку засунуть в скрипт они тоже заменяются кодами

ну, я тебе уже сказал. ViewBag — это часть ASP.NET фреймворка, так? вот туда и копать надо, он во всем виноват