Мне таки помог человек со stackoverflow. Оказалось, что в абстрактном C++ классе AutomataInterface не надо было прописывать виртуальный деструктор. А также, я в C++ коде удалял память по указателю на создаваемый в D коде объект. Ошибки вполне очевидные, если учитывать необходимость полного разделения управления памятью между линкуемыми компонентами. Сама линковка должна осущесвляться посредством dmd, причём main функция должна быть объявлена в D и вызывать C++ main функцию, которую предварительно нужно переименовать, например в maincpp. Код проекта доступен на гитхабе: https://github.com/newmen/d_life

Это как?!? Может ты что-то не понял? Если у тебя есть виртуальные функции, то почему нельзя иметь виртуальный деструктор (ты про тело деструктора не забыл надеюсь)?!?