1) Занести шаблон в базу.
2) разбить его на подмодули, чтобы редактировать каждый модуль. Отдельно меню, топ, подвал, середину...

Вообще это дело не простое, даже со знанием РНР и опытом написания сайтов, трудно что-то посоветовать. 
Наверно эту тему лучше перенести в работу, потому что за бесплатно никто делать не будет.

Ну вообще мысль интересная, только не мало ли шаблонов?  

innatcv, в базе должно быть несколько полей в которые будет вписываться текст, или просто передавать из формы POST-параметрами и вставлять в шаблон

Добавлено @ 16:18 

вот-вот, всё хотел об этом сказать   

Вообще чтобы довести такую вещь до ума, нужно быть виртуозом, даже не любителем. Так что или за деньги или проститься с этой идеей, так как она нерациональная, ну как это 100 человек, будет иметь одинаковые шаблоны сайтов, тоесть 50 человек 1 шаблон, 50 другой. 
Я бы не согласилась. 
 

Помоему самый простой вариант, установить движок на PHP типа Нюки. К ней есть порядка 200 шаблонов оформления и каждый зарегистрированный пользователь может выбирать себе дизайн на свой вкус. И ещё есть дополнительный модуль для пользователей которые хотят сделать свой небольшой сайт на 10-15 страничек. И не надо сильно мудрить.  

1. Качаем смарти отсюда и устанавливаем.
2. Создаём два шаблона для смарти (как - читай документацию по смарти).
3. Создаём таблицу в БД, где хранится инфа о страничках пользователей.
4. Создаём формы для изменения данных о страничке (через здесь пользователи и будут вписывать информацию - лучше всего что-то вроде - сверху выбор радио кнопками шаблона и дальше вся инфа).
5. Делаем скрипт, который берёт инфу о запрошенной страничке в БД и выводит её в сочетании с шаблоном.

Это простейший вариант, который, при наличии фантазии, можно до безумия совершенствовать. Удачи.